Независимо от того, был ли напавший клещ энцефалитным, пострадавшему вводят специфический иммуноглобулин против клещевой инфекции в течение 3 дней. Вкалывают иммуноглобулин строго внутримышечно: при лихорадочной форме ежедневно в течение 3–5 дней, менингиальной – каждые 10–12 часов 5 дней, доза - 0,1 мл/ кг. При более тяжёлых формах для лечения клещевого энцефалита иммуноглобулин против болезни назначают в увеличенных дозах. Дальнейшее лечение клещевого энцефалита доктор назначает в зависимости от энцефалитной формы и тяжести симптомов.

Кроме того, после выздоровления пациент остаётся под наблюдением невролога до 3 лет.